Icon Translate to Arabic.png
هذه الموضوعة بها ترجمة آلية يجب تحسينها أوإزالتها لأنها تخالف سياسات ويكيبيديا.

هذه الموضوعة هي عن مجموعة برامج فاستا. لأجل صيغة الملف, أنظر صيغة فاستا. فاستا هومجموعة برامج الحمض النووي والتراصف التسلسلي للبروتين وصفت لأوّل مرّة (FASTP) من قبل دايفيد ج.ليبمان وويليام ر.بيرسون في عام 1985.

التاريخ

برنامج FASTP الأصلي تمّ تصميمه لبحوث التشابه التسلسلي للبروتين. أضاف فاستا القدرة لعمل الحمض النووي: بحوث الحمض النووي, البروتين المترجم: بحوث الحمض النووي, ويوفّر أيضاً برنامج تعديل أكثر تطوّراً لتقييم الاهمية الإحصائيّة. هناك الكثير من البرامج في هذه المجموعة التّي تسمح باصطفاف سلاسل البروتين وسلاسل الحمض النووي.

الاستخدام

فاستا تعني "سريع-دائماً", وتؤيّد "سريع بأكمله", لأنها تعمل بأيّ أبجديّة, امتداد ل"فاستا-ب" (بروتين) و"فاستا- ن" (نوكليوتيدات) صفّ. مجموعة فاستا الحاليّة تتضمّن برامج للبروتين: البروتين, الحمض النووي: الحمض النووي, البروتين: الحمض النووي المترجم (مع تحوّلات الوظيفة), وعمليات درس الببتيد المنظّمة وغير المنظّمة. الإصدارات الحديثة من مجموعة فاستا تتضمّن خوارزميّات درس مترجمة خاصّة الّتي تعالج بشكل سليم أخطاء تحولات الوظيفة (الّتي لا تعالجها عمليات درس الوظائف الستّة المترجمة) عند مقارنة النكليوتيد إلى بيانات سلسلة البروتين. بالإضافة إلى طرق البحث الإرشاديّة السّريعة, مجموعة فاستا SSEARCH، التطبيق الأمثل لخوارزمية سميث واترمان. الهجريز الأهمّ للمجموعة هوحساب إحصائيّات التشابه الدّقيقة, بحيث يستطيع فهماء الأحياء حتى يحكموا فيما إذا كان من المرجّح أنّ الصفّ وقع عن طريق الصدفة, أوفيما إذا يمكن استخدامها لاستنتاج التناظر.مجموعة فاستا متاحة من fasta.bioch.virginia.edu. قابلة شبكة الانترنت لتقديم تسلسل لإدارة درس لمعهد المعلوماتية الأوروبي قواعد البيانات على الإنترنت متوافرة أيضاً باستخدام برامج فاستا. صيغة ملف فاستا المستخدمة كمدخل لهذه البرامج تستعمل الآن بشكل كبير من قبل أدوات درس قاعدة بيانات بتسلسل آخر (مثل أداة درس الاصطفاف المحلية الأساسية) وبرامج اصطفاف التسلسل (كلوستال، تي-كوفي ,الخ).

طريقة البحث

فاستا يأخذ سلسلة النكليوتيد أوالحمض الأميني المعينة ويبحث قاعدة بيانات السلسلة اللقاءة باستخدام التراصف التسلسلي المحلي لإيجاد نظائر لسلاسل قاعدة بيانات مماثلة. برنامج فاستا يتبع طريقة إرشادية على نطاق واسع التّي يساهم في السّرعة العالية لتطبيقها. إنه يلاحظ أوليّاً نمط ضربات الحدثة, نظائر حدثة إلى حدثة بطول معيّن, وتعيين النظائر المحتملة قبل إنجاز البحث المحسّن الأكثر مضيعة للوقت باستخدام خوارزمية نمط سميث واترمان. الحجم المأخوذ بعين الاعتبار, معطى من قبل ktup البارامتر, يتحكّم بحساسية وسرعة البرنامج. زيادة قيمة ktup ينقص عدد الضربات الخلفية الّتي يتمّ العثور عليها. من ضربات الحدثة الّتي تُرجع البرنامج يبحث عن القطاعات الّتي تحتوي على مجموعة من الضربات القريبة. ثمّ يتحقّق من هذه القطاعات لنظير محتمل.

هناك بعض الاختلافات بين fastn وfastp وفقاً لنوع التسلسلات المستخدمة لكن كلاهما يستخدمان أربع خطوات ويحسبان ثلاث درجات لوصف وصياغة نتائج التشابه التسلسلي.وهذه هي:

  • تحديد المناطق ذات الكثافة الأعلى في جميع مقارنة تسلسل. بأخذ ktup لمساواة 1 أو2.
في هذه المستوى جميع أومجموعة من المطابقات بين تسلسلين توجد باستخدام جدول اللقاءة. قيمة ktup تحدّد كم عدد المطابقات المتعاقبة المطلوبة لنظير ليتمّ إعلانه. وبالتالي أقلّ قيمة ktup: البحث الأكثر حساسية.

Ktup=2 يؤخذ كثيراً من قبل المستعملين لسلاسل البروتين وKtup=4 أوستة لسلاسل النكليوتيدات. الأليغونكليوتيدات القصيرة غالباً يتمّ تشغيلها مع Ktup=1. ثمّ يجد البرنامج جميع المناطق المحلية المماثلة, ممثّلاً كأقطار بطول محدّد في الرسم البياني, بين التسلسلين الاثنين من خلال عدّ مطابقات Ktup وإعاقة عدم المطابقات المعترضة. بهذه الطريقة, المناطق المحلية ذات الكثافة الأعلى المكافئة بقطر معزولة عن الضربات الخلفية. لسلاسل البروتين قيم قوالب مصفوفة بدائل الحمض الأميني تستخدم لتسجيل نظائر ktup. هذا يضمن أنّ مجموعات من المتطابقات بأعداد عالية من التشابه تساهم أكثر للنتيجة القطرية المحلّية من المتطابقات بأعداد منخفضة من التشابه. سلاسل النكليوتيد تستخدم مصفوفة المتطابقة للغاية نفسها. أفضلعشرة مناطق محليّة مختارة من جميع الأقطار مجتمعة يتمّ حفظها بعد ذلك.

  • إعادة تفحص المناطق المأخوذة باستخدام مصفوفات الإنضمام. تشذيب نهايات المنطقة لتضم فقط تلك التي تساهم بالنتيجة الأعلى.

إعادة تفحص المناطق العشرة المأخوذة. هذه المرة باستخدام مصفوفات الإنضمام المرتبطة أثناء إعادة الإنضمام للسماح بنقل متطابقات أقصر من قيمة ktup. أيضاً أثناء إعادة تسجيل الاستبدالات المقاومة التي تساهم في المحافظة على نقاط التشابه يتمّ اتخاذها. رغم أنّ سلاسل البروتين تستخدم مصفوفات قوالب مصفوفة بدائل الحمض الأميني، لتسجيل المصفوفات على أساس الحدّ الأدنى لعدد تغييرات القاعدة المطلوبة لاستبدال محدّد, على المتطابقات وحدها, أوعلى قياس بديل للتشابه مثل النقطة القابلة للتغير، يمكن استخدامها أيضاً مع البرنامج. لكل من هذه المناطق القطريّة المعاد تفحصها بهذه الطريقة, المنطقة الثانوية بالدرجة القصوى يتمّ تعيينها. المتطابقات الأوليّة التي وجدت في المستوى الأولى يتمّ استخدامها لترتيب تسلسل المخطة. الدرجة الأعلى يشار إليها بدرجة nit1.

  • في التراصف إذا تمّ العثور على عدة مناطق أولية بأعداد أكبر من قيمة البتر, التحقّق ما إذا كان يمكن ضمّ المناطق الأولية المشذّبة لتشكيل تراصف تقريبي مع فجوات. حساب درجة التشابه الّتي هي مجموع المناطق المنضمّة تعاقب 20 نقطة لكلّ فجوة. درجة التشابه الأولية هذه (initn) تستخدم لتصنيف السلاسل المخطية. درجة المنطقة المفردة الأولية الأفضل وجدت في المستوى 2تمّ ذكرها (init1).

هنا البرنامج يحسب التراصف المثالي للمناطق الأولية كمجموعة من المناطق المتوافقة بالدرجة القصوى. هذا التراصف المثالي للمناطق الأولية يمكن حسابه بسرعة باستخدام خوارزمية البرمجة الديناميكية. الدرجة الناتجة initn تستخدم لتصنيف السلاسل المخطية. عملية الانضمام هذه تزيد الحساسيّة ولكن تنقص الانتقائيّة. قيمة الفرق المحسوبة بعناية هي بالتالي تستخدم للتحكم بمكان تطبيق هذه المستوى, القيمة الّتي تكون تقريباً ذات انحراف معياري واحد فوق معدّل الدرجة المتوقّع من سلاسل غير مرتبطة في المخطة. تسلسل استفسار 200-بقايا مع ktup2 يستخدم قيمة 28.

  • استخدام خوارزمية سميث واترمان الموحّدة لحساب الدرجة المثالية للتراصف.

هذه المستوى تستخدم خوارزمية سميث واترمان الموحّدة لإحداث الدرجة المحسّنة (opt) لكل تراصف من تسلسل الاستفسار إلى تسلسل قاعدة البيانات (المخطي). إنّه يأخذ مجموعة من 32 بقايا هجرّزت على منطقة init1 من المستوى 2 لحساب التراصف المثالي. بعد حتى يتمّ فحص جميع السلاسل يقوم البرنامج بتعيين مسقط الدرجات الأوليّة لكل تسلسل قاعدة بيانات في الرسم البياني، ويحسب الأهمية الإحصائيّة لدرجة "opt". لسلاسل البروتين, التراصف النهائي ينتج باستخدام تراصف سميث واترمان كامل. لسلاسل الحمض النووي DNA، يتمّ تجهيز تراصف موحّد.

انظر أيضاً

  • انفجار
  • صيغة فاستا
  • تراصف تسلسلي

المراجع

  1. ^ Lipman, DJ; Pearson, WR (1985). "Rapid and sensitive protein similarity searches". Science. 227 (4693): 1435–41. doi:10.1126/science.2983426. PMID 2983426.
  2. ^ {{cite journal |pmid=3162770 |year=1988 |title=Improved tools for biological sequence comparison |volume=85 |issue=8 |pages=2444–8 |pmc=280013 |journal=Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America |doi=10.1073/pnas.85.8.2444 |last1=Pearson |first1=WR |last2=Lipman |first2=DJ

وصلات خارجية

  • مسقط fasta
  • صفحة EBI's FASTA
تاريخ النشر: 2020-06-02 02:05:25
التصنيفات: برمجية معلوماتية حيوية, علم تطور السلالات الحاسوبي, مقالات مترجمة آليا, جميع المقالات المترجمة آليا, جميع المقالات التي بحاجة لصيانة, بوابة علم الحاسوب/مقالات متعلقة, بوابة علم الأحياء/مقالات متعلقة, بوابة علم الأحياء الخلوي والجزيئي/مقالات متعلقة, بوابة تقنية المعلومات/مقالات متعلقة, جميع المقالات التي تستخدم شريط بوابات

مقالات أخرى من الموسوعة

سحابة الكلمات المفتاحية، مما يبحث عنه الزوار في كشاف:

آخر الأخبار حول العالم

مسؤول صحي إيطالي: إلزامية لقاح كورونا قد تولد أثرا عكسيا

المصدر: RT Arabic - روسيا التصنيف: سياسة
تاريخ الخبر: 2020-12-31 19:13:43
مستوى الصحة: 90% الأهمية: 100%

تحديد موعد الميركاتو الشتوي وموعد استئناف البطولة المغربية

المصدر: كِشـ24 - المغرب التصنيف: سياسة
تاريخ الخبر: 2020-12-31 19:11:21
مستوى الصحة: 33% الأهمية: 46%

"سوناطراك" الجزائرية تعتزم إنفاق 40 مليار دولار على مدى 5 سنوات

المصدر: RT Arabic - روسيا التصنيف: سياسة
تاريخ الخبر: 2020-12-31 19:13:41
مستوى الصحة: 79% الأهمية: 92%

بعد 7 سنوات..أوروبا تعبر "سور الصين العظيم" | أخر الأخبار

المصدر: CNBC عربية - الإمارات التصنيف: سياسة
تاريخ الخبر: 2020-12-31 19:14:33
مستوى الصحة: 63% الأهمية: 81%

إيطاليا تسجل 555 وفاة و23477 إصابة جديدة بكورونا

المصدر: RT Arabic - روسيا التصنيف: سياسة
تاريخ الخبر: 2020-12-31 19:13:45
مستوى الصحة: 86% الأهمية: 97%

إصابات كورونا الجديدة تتوزع على جميع جهات المملكة

المصدر: كِشـ24 - المغرب التصنيف: سياسة
تاريخ الخبر: 2020-12-31 19:11:23
مستوى الصحة: 37% الأهمية: 40%

تعرف على عدد السكان في كل دولة خليجية (صورة)

المصدر: RT Arabic - روسيا التصنيف: سياسة
تاريخ الخبر: 2020-12-31 19:13:40
مستوى الصحة: 76% الأهمية: 90%

البتكوين تعود للحياة في 2020! | أخر الأخبار

المصدر: CNBC عربية - الإمارات التصنيف: سياسة
تاريخ الخبر: 2020-12-31 19:14:34
مستوى الصحة: 70% الأهمية: 80%

كورونا تفرض وجودها في احتفالات رأس السنة في دبي | أخر الأخبار

المصدر: CNBC عربية - الإمارات التصنيف: سياسة
تاريخ الخبر: 2020-12-31 19:14:40
مستوى الصحة: 65% الأهمية: 72%

نقل الكاتب المصري وحيد حامد إلى المستشفى إثر أزمة صحية طارئة

المصدر: RT Arabic - روسيا التصنيف: سياسة
تاريخ الخبر: 2020-12-31 19:13:44
مستوى الصحة: 93% الأهمية: 90%

إجمالي إصابات كورونا بجهة مراكش آسفي يرتفع بـ128 حالة جديدة

المصدر: كِشـ24 - المغرب التصنيف: سياسة
تاريخ الخبر: 2020-12-31 19:11:22
مستوى الصحة: 44% الأهمية: 50%

«داعش» يتبنى الهجوم على الحافلة بمحافظة دير الزور السورية

المصدر: الراي - الكويت التصنيف: مجتمع
تاريخ الخبر: 2020-12-31 18:34:12
مستوى الصحة: 45% الأهمية: 60%

تابعني على