كلوستال

معلومات عامة
نوع	Bioinformatics tool
مسقط الويب	www.clustal.org/omega
المطور الأصلي	Desmond G. Higgins
المطورون	Gibson T. (مختبر فهم الأحياء الجزيئي الأوروبي), Thompson J. (المركز الوطني الفرنسي للبحث الفهمي), Higgins D. (كلية دبلن الجامعية)
لغة البرمجة	C++
الرخصة	رخصة جنوالعمومية، الإصدار 2

هذه الموضوعة تحتاج لتدقيق لغوي أوإملائي. فضلًا ساعد في تحسين هذه الموضوعة بإجراء التسليمات اللغوية المطلوبة.

كلوستال وبالإنجليزية (Clustal): هوبرنامج حاسوبي يستخدم بكثرة لمحاذاة التسلسلات المتعددة، وأحدث إصدار له هو2.1، وهناك اختلافان رئيسيان في هذا البرنامج فيما يتعلق بالقابلة:

كلوستال دبليو(ClustalW) :القابلة تعتمد على كتابة الأوامر.
كلوستال اكس (ClustalX) : قابلة المستخدم لهذا الإصدار رسومية، ويمكن استخدامه في أنظمة تشغيل مختلفة مثل ويندوز وماك OS ويونيكس/لينكس.

هذا البرنامج متوفرعلى الصفحة الرئيسية لكلوستال أوملقم ftb g لمعهد الأوربي لفهم تقنيات المعلومات الحيوي .

معلومات

المسقط يستخدم في التطبيقات الحاسوبية (bioinformatics) بحيث إذا كنت تمتلك الكثير من السلاسل الجينية التي تحتوي على مواقع متداخله في ما بينها يقزم بتحديد المناطق المتشابه بين الكثير من السلاسل الجينيه. تم انشاء هذا المسقط عام 1992 وتم تطوير هذا المسقط في عام 1994 وهومن أكثر المواقع المستخدمة في ترتيب الكثير من السلاسل الجينيه وذلك لأنه سريع ودقيق بشكل عام بما فيه الكفاية.

الإدخال والإخراج

يقبل هذا البرنامج صيغ إدخال مختلفة تضم NBRF/PIR وفاستا وEMBL/SwissprotوEMBL/Swissprot وكلوستال وGCC/MSF وGCG9 RSF وGDE.

أما صيغ الإخراج فقد تضم واحدة أوأكثر من الصيغ التالية: كلوستال أوNBRF/PIR أوGCG/MSF أوPHYLIP أوGDE أوNEXUS.

محاذاة التسلسل المتعدد

هناك ثلاث خطوات رئيسية :

إنشاء محاذة عشوائية
إنشاء شجرة شجرة المَحْتِد أوماتعهد بشجرة التطور (أواستخدام شجرة عرّفها المستخدم)
استخدام شجرة التطور لإكمال سلسة المحاذاة

كل ما ذكر يتم تلقائياً بمجرد اختيارك ل"إنشاء محاذاة كاملة". هناك خيارات أخرى وهي "إنشاء محاذاة من شجرة الدليل" و" إنشاء شجرة مرشد فقط".

الإعداد

يستطيع المستخدمون محاذاة التسلسلات باستخدام الإعداد الافتراضي ولكن قد يحدث من المفيد أحياناً تخصيص مدخلات المستخدم، والمدخلات الأساسية هي توسيع المسافة وتمديدها.

انظر أيضاً

برمجيات محاذاة التسلسل
تي بن (T-Coffee)
محاذاة إم (Align-m)
دياليجن تي( DIALIGN-T)
دياليجن تي اكس(DIALIGN-TX)
جاليجنير(JAligner)
مافت (MAFFT)
مافيد(MAVID)
ماسل (MUSCLE)
بروبكونس(ProbCons)

المراجع

^ Larkin MA, Blackshields G, Brown NP, Chenna R, McGettigan PA, McWilliam H, Valentin F, Wallace IM, Wilm A, Lopez R, Thompson JD, Gibson TJ, Higgins DG (2007). "ClustalW and ClustalX version 2". Bioinformatics. 23 (21): 2947–2948. doi:10.1093/bioinformatics/btm404. PMID 17846036. صيانة CS1: أسماء متعددة: قائمة المؤلفون (link)
^ Thompson JD, Gibson TJ, Plewniak F, Jeanmougin F, Higgins DG (1997). "The CLUSTAL_X windows interface: flexible strategies for multiple sequence alignment aided by quality analysis tools". Nucleic Acids Research. 25 (24): 4876–4882. doi:10.1093/nar/25.24.4876. PMC 147148. PMID 9396791. صيانة CS1: أسماء متعددة: قائمة المؤلفون (link)

وصلات خارجية

{/0الصفحة الرئيسية لكلوستال (التحميل مجاني ليونيكس / لينكس، ماك، Windows)
ClustalW وClustalX في بنك الإمارات الدولي (التحميل مجانا ليونيكس / لينكس، ماك، Windows)
" تسريع التطبيقات المكثفة على 10X - 50x تسريع إزالة اختناقات سير العمل في المعلوماتية "—ورق أبيض لبروجنك المحدودة.
متعددة محاذاة تسلسل CLUSTALW