نطاق پروتين
نطاق بروتين أومجالات بروتين (بالإنجليزية: protein domain ) هوجزء مكتمل من سلسلة بروتين معين ذات هجريب مجسم (في ثلاثة أبعاد) قد تنشأ، وتكون لها وظيفة حيوية، ويمكنها البقاء منفصلة عن بقية سلسلة البروتين. يكوّن جميع نطاق domain من نظام متماسك في ثلاثة أبعاد ويمكنه البقاء مستقرا وقد يتطابق على نفسه. الكثير من البروتينات تكون مكوّنة من نطاقات بنائية. وقد يظهر نطاق معين domain في الكثير من البروتينات المتنوعة. وتستخدم الجزيئات الكبيرة النطاقات كوحدات بنائية ؛ وترتبط ببعضها البعض بأنظمة مختلفة مكونة بروتينات ذات وظائف مختلفة.
تختلف المجالات (النطاقات) في طولها بين 25 حمض أميني إلى 500 حمض أميني. أقصر النطاقات، مثل "أصابع الزنك" zinc fingers ، يتحقق استقراره بأيونات فلزية أوجسر ثنائي كبريتيد. وكثيراً ما تـُشكـِّل النطاقات وحدات وظيفية، مثل نطاق EF hand الرابط للكالسيوم في كالموديولين. ونظراً لكون النطاقات مستقرة بذاتها وغير معتمدة على بعضها البعض، يمكن استبدال نطاق بنطاق آخر بواسطة الهندسة الوراثية بين بروتين وآخر لإنتاج بروتين كيميري.
نطاقات غير معروف وظيفتها (DUFs)
كثير من نطاقات البروتين لا تعهد لها وظيفة ؛ ولهذا تسمى نطاقات لا وظيفية domain of unknown function, DUF . وتوجد تلك النطاقات كثيرا ؛ فمثلا في البكتيريا وجدت نحو2700 من النطاقات المتنوعة ولا تعهد لها وظائف حتى الآن . وفي حقيقيات النوى توجد نحو1500 من حلبات البروتين ومن ضمنها 800 حلبة بروتين توجد في بكتيريا (بواقع عام : 2013).
وقد قام الباحث " جوداكر" وزملاؤه في عام 2013 بفصل 238 DUFs (eDUFs) ضرورية في البكتيريا ، وقد أدى اقتلاعها من الخلايا إلى موت الخلايا.
انظر أيضاً
- إشارة تصدير نووي
- بروتين اندماجي
- بروتين
- فهم الأحياء
- كيمياء عضوية
- بروتين ثانوي البنية
مراجع
- ^ N. F. Goodacre, D. L. Gerloff, P. Uetz: Protein domains of unknown function are essential in bacteria. In: mBio. Band 5, Nummer 1, 2013, S. , ISSN 2150-7511. doi:10.1128/mBio.00744-13. PubMed.
وصلات خارجية
Structural domain databases
- Conserved Domains at the National Center for Biotechnology website
- 3Dee
- CATH
- DALI
- Definition and assignment of structural domains in proteins
- PFAM clan browser
Sequence domain databases
- InterPro
- Pfam
- PROSITE
- ProDom
- SMART
- NCBI Conserved Domain Database
- SUPERFAMILY Library of HMMs representing superfamilies and database of (superfamily and family) annotations for all completely sequenced organisms
قواعد بيانات النطاقات الوظيفية
- dcGO قاعدة بيانات شاملة of domain-centric ontologies للوظائف وphenotypes والأمراض.
نطقب:Protein domains نطقب:Protein tertiary structure