العقدة الكاذبة
العقدة الكاذبة بالإنگليزية: pseudoknot هي بناء ثانوي للحمض النووي تحتوي على الاقل على بُنيتين من نوع الساق-الانشوطة (stem-loop structure) بحيثقد يكون نصف احدى الساقين يتداخل مع نصف الساق الأخرى. اول اكتشاف للعقدة الكاذبة كان في فيروس تبرقش اللفت الأصفر في عام 1982. العقدة الكاذبة تعطي شكل العقدة من ناحية البنية ثلاثية الابعاد ولكنها ليست عقدة حقيقية من الناحية الطوبوغرافية.
التنبؤ والتعهد
التكوين الهيكلي للعقدة الكاذبة لا يمكن التنبؤ به جيداً عبر الكشف الحيوي-الحاسوبي (bio-computational detection) نظرا لحساسية البنية وطبيعة التداخل. الاقتران القاعدي (base pairing) في العقدة الكاذبة ليس مستقراً بشكل جيد، بمعنى حتى أزواج القواعد تتداخل الواحدة في الأخرى في الموضع التسلسلي. وهذا يجعل وجود العقدة الكاذبة في تسلسل الحمض النووي الريبي RNA صعبة التنبؤ عبر الطرق القياسية المعروفة من البرمجة الديناميكية، والتي تستخدم نظام الإنضمام التكراري ’recursive scoring system‘ في تحديد الاقتران القاعدي وبالتالي ، لا يمكن الكشف عن معظم الأزواج القاعدية غير المتداخلة. الأسلوب الأحدث والذي يسمى’stochastic context-free grammars‘ يعاني من نفس المشكلة. وبالتالي، فإن أساليب التنبؤ بالبنية الثانوية المعروفة مثل Mfold وPfold لا يمكنها التنبؤ بهياكل العقدة الكاذبة عند الاستعلام عن التسلسل، بل ستحدد فقط الساق الأكثر استقرارا من العقدة الكاذبة.
من الممكن التعهد على فئة محدودة من العقدة الكاذبة باستخدام البرمجة الديناميكية. أسلوب البرمجة الديناميكية تام ولكن يحتاج زمن تطبيق أطول يزداد بطول السلسلة ليصبح غير عملي مع السلاسل الطويلة جدا.
الأهمية البيولوجية
الكثير من العمليات البيولوجية الهامة تعتمد على جزيئات الحمض النووي الريبي التي تشكل العقدة الكاذبة غالبا ما تكون في الرنا ذوبناء ثالثي ممتد. على سبيل المثال،. يحتوي على مكون الحمض النووي الريبي في التيلوميراز يحوي على عقدة كاذبة لها أهمية بالغة في نشاطه. والكثير من الفيروسات تستخدام بنية العقدة الكاذبة لتشكيل تكرار شبيه بالحمض الريبي النووي الننطق tRNA حتى يمكنها التسلل إلى الخلية المصابة.
رابط خارجي
- Rfam entry for Pseudoknots
المراجع
- ^ Chen JL, Greider CW. (2005). "Functional analysis of the pseudoknot structure in human telomerase RNA". Proc Natl Acad Sci USA 102(23): 8080–5.
