حدد قانون حماية وتنمية البحيرات والثروة السمكية، عددا من الضوابط والمحاذير على مالكي وقائدي مراكب الصيد، ضمانًا للالتزام بأحكامه في الحفاظ على الثروة السمكية للبلاد، وحمايتها من الصيد الجائر، وفرض العديد من العقوبات المغلظة لتقيدها بتلك المحاذير، حيث ألزم الجمعيات التعاونية والأهلية للثروة المائية والصيادون ورؤساء مراكب الصيد وتجار الأسماك، بتقديم جميع البيانات الإحصائية المتعلقة بعمليات الصيد والإنتاج السمكى والتسويق، وفي حال عدم التزامهم بتقديم تلك البيانات، يتعرضون لعقوبة الحبس مدة لا تقل عن ثلاثة أشهر ولا تزيد على سنة، وبغرامة لاتقل عن عشرة آلاف جنيه ولا تزيد على 50 ألف جنيه، أو بإحدى هاتين العقوبتين.

ووفقًا للقانون تشمل العقوبة ذاتها  استعمال أى مركب فى الصيد بدون ترخيص من الجهاز، فيما تحدد اللائحة التنفيذية بيانات الترخيص ومدته وشروط وإجراءات إصداره وتجديده.

كما قضى القانون بتطبيق ذات العقوبة على أى شخص يزاول مهنة الصيد دون الحصول على بطاقة صيد، بينما يعفى من الحصول على هذه البطاقة  الصيادون بالمياه الداخلية الذين لا يستعملون إلا بوصة واحدة بثلاث سنارات على الأكثر، كما تعفى من الترخيص المراكب المملوكة لجهات البحث العلمى والمعنية بالثروة المائية.

كما قضى القانون أيضًا بتطبيق ذات العقوبات، في حال ثبت وجود المركب خارج المياه الإقليمية دون تصريح من وزارة الدفاع أو قيامها بأى عمل من أعمال الصيد غير القانونى أو غير المنظم أو غير المبلغ عنه يسحب الترخيص لمدة سنة، فإذا تكررت المخالفة يسحب الترخيص نهائيًا.

وإذا ثبت قيام المركب بأى أنشطة فى أى دولة من دول الجوار دون وجود اتفاقيات مع تلك الدول، أو استخدام المركب فى أى أنشطة أخرى مثل عمليات التهريب أو الهجرة غير الشرعية أو بيع أو تهريب المواد البترولية أو أية أنشطة غير محددة بالترخيص الصادر للمركب ، أو تم تشغيل رخصة المركب على أكثر من بدن يسحب الترخيص نهائيًا.

وعلى الجانب الأخر حظر القانون  على مراكب الصيد الأجنبية الصيد بالمياه الإقليمية أو الاقتصادية المصرية، وذلك مع عدم الإخلال بالقوانين المنظمة لمنح الامتيازات المتعلقة باستثمار موارد الثروة الطبيعية والمرافق العامة، وفي حالة ضبط مركب الصيد الأجنبي مخالفًا، يعاقب بفرض غرامة على ربانه لا تقل عن مليون جنيه ولا تزيد على عشرة ملايين جنيه، ويتم التحفظ على المركب لحين سداد الغرامة فى موعد أقصاه شهر من تاريخ صدور الحكم النهائي، وإلا بيع وتحصل الغرامة والمصروفات من الثمن ويرد الباقى لمالك المركب ويحكم بمصادرة الشباك وأدوات الصيد وثمن الأسماك المصيدة لحساب الجهاز؛ وفي حالة العود تضاعف قيمة كل من الحد الأدنى والأقصى للغرامة.