الميكانيكا الجزيئية

يُستخدم مجال قوة لتقليل طاقة امتداد رابطة جزيء الميثان هذا.

تَستخدِم الميكانيكا الجزيئية الميكانيكا الكلاسيكية لنمذجة الأنظمة البيولوجية. يُفترض حتى تقريب بورن-أوبنهايمر سليم وأن الطاقة الكامنة لجميع الأنظمة تُحسب كدالة للإحداثيات النووية باستخدام مجالات القوة. يمكن حتى تُستخدم الميكانيكا الجزيئية لدراسة الأنظمة الجزيئية المتنوعة في الحجم والتعقيد من الأنظمة البيولوجية الصغيرة إلى الكبيرة وكذلك تجميعات الجزيئات ذات آلاف الملايين من الذرات.

جميع طرق الميكانيكا الجزيئية الذرية لها نفس الخصائص:

تحاكَى جميع ذرة على أنها جسيم واحد.
يُعيَّن لكل جسيم نصف قطر (عادة نصف قطر فان دير فالس)، قابلية استقطاب، وشحنة صافية ثابتة (عادة ما تُستَمَد من حسابات كمومية أوتجارب)
تُعامَل تآثرات الارتباط كنوابض ذات بعد توازنٍ مساوٍ لطول الرابطة التجريبي أوالمحسوب.

متغيرات عن هذا الأساس في المحاكاة ممكنة، عملى سبيل المثال: استخدمت الكثير من المحاكيات تاريخيا تمثيلا ذريا موحدا تُعتبر فيه جميع مجموعة ميثيل طرفية أوجسر ميثيلين متوسط جسيما واحدا، وعادة ما تحاكى أنظمة البروتينات الكبيرة باستخدام نموذج خزرة لتعيين جسمين إلى أربع أجسام لكل حمض أميني.

مراجع

U. Burkert and N.L. Allinger, Molecular Mechanics, 1982, (ردمك 0841208859)
O. Becker, A.D. MacKerell, Jr., B. Roux and M. Watanabe, Editors, Computational Biochemistry and Biophysics, Marcel Dekker Inc., New York, 2001, (ردمك 082470455X)
MacKerell, A.D., Jr., Empirical Force Fields for Biological Macromolecules: Overview and Issues, Journal of Computational Chemistry, 25: 1584-1604, 2004

الميكانيكا الجزيئية

مراجع

سحابة الكلمات المفتاحية، مما يبحث عنه الزوار في كشاف:

آخر الأخبار حول العالم