رنا غير مشفر طويل

بنية منطقة التكرار A (طولها حوالي 790 نيوكليوتيد) من رنا Xist (طوله لدى البشر حوالي 17 كيلونيوكليوتيد) وهوأحد جزيئات الرنا غير المشفرة الطويلة ويلعب دورا في تعطيل الصبغي X.

الرنا غير المشفر الطويل (بالإنجليزية: Long non-coding RNA)‏ واختصارا (lncRNA) هونوع من الرنا غير المشفر يُعرَّف على أنه نسخة يزيد طولها عن 200 نوكليوتيد ولا تتم ترجمتها إلى بروتين. هذا التعريف الاعتباطي نوعا ما يميز جزيئات الرنا غير المشفرة الطويلة عن جزيئات الرنا غير المشفرة الصغيرة مثل الرنا الميكروي، الرنا المتدخل الصغير، الرنا المتآثر مع بيوي، الرنا النويي الصغير، وغيرها من جزيئات الرنا القصيرة. جزيئات الرنا غير المشفرة الطويلة المتدخِّلة وجزيئات الرنا غير المشفرة الطويلة بين الجينية هي تسلسلات من الرنا غير المشفر الطويل والتي لا تتداخل مع الجينات المشفرة للبروتين.

الترجمة

كان هناك نقاش معتبر حول ما إذا كانت جزيئات الرنا غير المشفر الطويل قد أُسِيءَ شرحها وتحديد وظيفتها وأنها بالعمل تشفر بروتينات وتخضع لعملية الترجمة. وُجِد بالعمل حتى الكثير من جزيئات الرنا الطويلة هذه تشفر ببتيدات ذات وظائف بيولوجية معتبرة. اقترحت دراسات برفلة الريبوسوم حتى حوالي من 40% إلى 90% من جزيئات الرنا الطويلة المشروحة والمحددة تتم ترجمتها في الواقع، رغم وجود اختلاف حول الطريقة السليمة لدراسة وتحليل بيانات برفلة الريبوسوم. فضلا عن ذلك، يُعتقد حتى الكثير من الببتيدات الناتجة عن ترجمة جزيئات الرنا غير المشفر الطويل غير مستقرة بشكل كبير ومن دون وظائف بيولوجية.

مراجع

^ Fang R, Moss WN, Rutenberg-Schoenberg M, Simon MD (December 2015). "Probing Xist RNA Structure in Cells Using Targeted Structure-Seq". PLoS Genetics. 11 (12): e1005668. doi:10.1371/journal.pgen.1005668. PMC 4672913. PMID 26646615.
^ Perkel JM (June 2013). "Visiting "noncodarnia"". BioTechniques (paper). 54 (6): 301, 303–4. doi:10.2144/000114037. PMID 23750541. "We're calling long noncoding RNAs a class, when actually the only definition is that they are longer than 200 bp," says Ana Marques, a Research Fellow at the University of Oxford who uses evolutionary approaches to understand lncRNA function.
^ Ma L, Bajic VB, Zhang Z (June 2013). "On the classification of long non-coding RNAs". RNA Biology. 10 (6): 925–33. doi:10.4161/rna.24604. PMC 4111732. PMID 23696037.
^ Julia D. Ransohoff, Yuning Wei & Paul A. Khavari (15 November 2017). "The functions and unique features of long intergenic non-coding RNA". Nature Reviews Molecular Cell Biology. 19 (3): 143–157 (2018). doi:10.1038/nrm.2017.104. PMC 5889127. PMID 29138516.
^ Anderson DM, Anderson KM, Chang CL, Makarewich CA, Nelson BR, McAnally JR, Kasaragod P, Shelton JM, Liou J, Bassel-Duby R, Olson EN (February 2015). "A micropeptide encoded by a putative long noncoding RNA regulates muscle performance". Cell. 160 (4): 595–606. doi:10.1016/j.cell.2015.01.009. PMC 4356254. PMID 25640239.
^ Matsumoto A, Pasut A, Matsumoto M, Yamashita R, Fung J, Monteleone E, Saghatelian A, Nakayama KI, Clohessy JG, Pandolfi PP (January 2017). "mTORC1 and muscle regeneration are regulated by the LINC00961-encoded SPAR polypeptide". Nature. 541 (7636): 228–232. Bibcode:2017Natur.541..228M. doi:10.1038/nature21034. PMID 28024296.
^ Pauli A, Norris ML, Valen E, Chew GL, Gagnon JA, Zimmerman S, Mitchell A, Ma J, Dubrulle J, Reyon D, Tsai SQ, Joung JK, Saghatelian A, Schier AF (February 2014). "Toddler: an embryonic signal that promotes cell movement via Apelin receptors". Science. 343 (6172): 1248636. doi:10.1126/science.1248636. PMC 4107353. PMID 24407481.
^ Ingolia NT, Lareau LF, Weissman JS (November 2011). "Ribosome profiling of mouse embryonic stem cells reveals the complexity and dynamics of mammalian proteomes". Cell. 147 (4): 789–802. doi:10.1016/j.cell.2011.10.002. PMC 3225288. PMID 22056041.
↑ Ji Z, Song R, Regev A, Struhl K (December 2015). "Many lncRNAs, 5'UTRs, and pseudogenes are translated and some are likely to express functional proteins". eLife. 4: e08890. doi:10.7554/eLife.08890. PMC 4739776. PMID 26687005.
^ Guttman M, Russell P, Ingolia NT, Weissman JS, Lander ES (July 2013). "Ribosome profiling provides evidence that large noncoding RNAs do not encode proteins". Cell. 154 (1): 240–51. doi:10.1016/j.cell.2013.06.009. PMC 3756563. PMID 23810193.

[1] Fang R, Moss WN, Rutenberg-Schoenberg M, Simon MD (December 2015). "Probing Xist RNA Structure in Cells Using Targeted Structure-Seq". PLoS Genetics. 11 (12): e1005668. doi:10.1371/journal.pgen.1005668. PMC 4672913. PMID 26646615.

[2] Perkel JM (June 2013). "Visiting "noncodarnia"". BioTechniques (paper). 54 (6): 301, 303–4. doi:10.2144/000114037. PMID 23750541. "We're calling long noncoding RNAs a class, when actually the only definition is that they are longer than 200 bp," says Ana Marques, a Research Fellow at the University of Oxford who uses evolutionary approaches to understand lncRNA function.

[3] Ma L, Bajic VB, Zhang Z (June 2013). "On the classification of long non-coding RNAs". RNA Biology. 10 (6): 925–33. doi:10.4161/rna.24604. PMC 4111732. PMID 23696037.

[The_functions_and_unique_features_of_long_intergenic_non-coding_RNA-4] Julia D. Ransohoff, Yuning Wei & Paul A. Khavari (15 November 2017). "The functions and unique features of long intergenic non-coding RNA". Nature Reviews Molecular Cell Biology. 19 (3): 143–157 (2018). doi:10.1038/nrm.2017.104. PMC 5889127. PMID 29138516.

[5] Anderson DM, Anderson KM, Chang CL, Makarewich CA, Nelson BR, McAnally JR, Kasaragod P, Shelton JM, Liou J, Bassel-Duby R, Olson EN (February 2015). "A micropeptide encoded by a putative long noncoding RNA regulates muscle performance". Cell. 160 (4): 595–606. doi:10.1016/j.cell.2015.01.009. PMC 4356254. PMID 25640239.

[6] Matsumoto A, Pasut A, Matsumoto M, Yamashita R, Fung J, Monteleone E, Saghatelian A, Nakayama KI, Clohessy JG, Pandolfi PP (January 2017). "mTORC1 and muscle regeneration are regulated by the LINC00961-encoded SPAR polypeptide". Nature. 541 (7636): 228–232. Bibcode:2017Natur.541..228M. doi:10.1038/nature21034. PMID 28024296.

[7] Pauli A, Norris ML, Valen E, Chew GL, Gagnon JA, Zimmerman S, Mitchell A, Ma J, Dubrulle J, Reyon D, Tsai SQ, Joung JK, Saghatelian A, Schier AF (February 2014). "Toddler: an embryonic signal that promotes cell movement via Apelin receptors". Science. 343 (6172): 1248636. doi:10.1126/science.1248636. PMC 4107353. PMID 24407481.

[8] Ingolia NT, Lareau LF, Weissman JS (November 2011). "Ribosome profiling of mouse embryonic stem cells reveals the complexity and dynamics of mammalian proteomes". Cell. 147 (4): 789–802. doi:10.1016/j.cell.2011.10.002. PMC 3225288. PMID 22056041.

[:0-9] Ji Z, Song R, Regev A, Struhl K (December 2015). "Many lncRNAs, 5'UTRs, and pseudogenes are translated and some are likely to express functional proteins". eLife. 4: e08890. doi:10.7554/eLife.08890. PMC 4739776. PMID 26687005.

[10] Guttman M, Russell P, Ingolia NT, Weissman JS, Lander ES (July 2013). "Ribosome profiling provides evidence that large noncoding RNAs do not encode proteins". Cell. 154 (1): 240–51. doi:10.1016/j.cell.2013.06.009. PMC 3756563. PMID 23810193.