حرص القانون على أن تكون موازنة الهيئة الوطنية للانتخابات موازنة مستقلة لضمات استقلال الهيئة، ونصت المادة 30 من قانون رقم 198 لسنة 2017، فى شأن الهيئة الوطنية للانتخابات، على: "تكون للهيئة موازنة مستقلة تُدرج ضمن الموازنة العامة للدولة، وتبدأ السنة المالية ببداية السنة المالية للدولة وتنتهى بانتهائها، وتلتزم الدولة بتدبير الاعتمادات المالية التى يطلبها المجلس فى حالة الدعوة للاستفتاء أو الانتخاب، وتدرج هذه الاعتمادات ضمن موازنة الهيئة عن السنة المالية التى تجرى فيها الاستفتاءات أو الانتخابات، وتحتفظ الهيئة بسجلات منتظمة للإيرادات والمصروفات تُعَدُّ وفقًا للأسس المحاسبية المقررة فى هذا الشأن، وتخضع لرقابة الجهاز المركزى للمحاسبات.
فيما نصت المادة 31 من ذات القانون على: "يضع المجلس لائحة لتنظيم الشئون المالية للهيئة، تتضمن قواعد وإجراءات الإنفاق من الاعتمادات المالية المخصصة لها، وبيان المعاملة المالية لأعضائها وأعضاء الجهاز وللعاملين بها، وأعضاء اللجان المنصوص عليها فى هذا القانون، ولكل من تستعين بهم فى عملها.
وتضمنت المادة 32 أن يضع المجلس لائحة خاصة لتنظيم شئون العاملين بالهيئة، وتسرى عليهم فيما لم يرد به نص خاص فى هذه اللائحة، الأحكام الواردة بقانون الخدمة المدنية، ويختص المجلس بالنسبة لهؤلاء العاملين بالمسائل التى يجب أن يصدر بها قرار من رئيس مجلس الوزراء، وكذلك بالمسائل التى تقتضى فيها القوانين واللوائح أخذ رأى أو موافقة وزارة المالية أو الجهاز المركزى للتنظيم والإدارة، أو أى جهة أخرى.
