إنكود

إنكود
ENCODE
المحتوى
الوصف	بيانات الجينوم التفصيلية
الاتصال
مركز الأبحاث	جامعة كاليفورنيا سانتا كروز
المعمل	مركز علوم البيولوجية الجزيئية والهندسية
المؤلفون	بريان ج. راني
المرجع الأولي	PMID 21037257
تاريخ النشر	2010
الولوج
المسقط الإلكتروني	encodeproject.org
Tools
متفرقات

موسوعة عناصر الدنا (إنكود) ENCODE، هي مجمع أبحاث عام أسسه المعهد الوطني لأبحاث الجينوم البشري بالولايات المتحدة في سبتمبر 2003. الهدف منه هوإيجاد جميع العناصر الوظيفية في الجينوم البشري، ويعتبر أحد أبرز مشروعات المعهد الوطني لأبحاث الجينوم بعد انتهاؤه بنجاح من مشروع الجينوم البشري. جميع البيانات التي سيتوصل إليها إنكود ستطرح لقاعدة البيانات العامة.

فيخمسة سبتمبر 2012، نشر المشروع مجموعة احداثيات من ثلاثة ورقة نشرتها صحف ناتشر، جينوم بيولوجي وجينوم ريسشر. أظهرت هذه المنشورات حتى 80% على الأقل من الجينوم البشري له وظيفة حيوية متخصصة، أكثر مما كان يعتقد.

واستطاع المشروع حتى سبتمبر 2012 تحليل ثلاثة مليارات زوج من الشفرة الوراثية المسؤولة عن تكون الحامض النووي البشري. ويهجرز الاهتمام حتى الآن على الجينات ذات الشفرة البروتينية التي تكون فقط 2% من الجينوم.

وكان فريق مشروع انكود قد أجرى دراسة تحليلية واسعة للجينوم أطلق عليه اسم "الحامض النووي المعطل نظراً لعدم رصد وظيفته على ما يبدو، فضلا عن عدم توافر فهم لطبيعته. وصرح مدير الفريق القائم على الدراسة حتى هذا المصطلح يجب وقف تداوله حالياً، إذ اتضح من النتائج الأخيرة حتى الجينوم له وظائف أكثر حيوية مقارنة بالمعروفة سابقاً.

الفترة التجريبية

بدأت الفترة التجريبية من المشروع بميزانية مقدارها 12 مليون دولار. وكان الهدف هوتقدير تنوع الطرق المتنوعة التي تستخدم في المراحل التالية. وتم استخدام عدد من التقنيات الموجودة لتحليل بروتين الجينوم الذي يعادل حوالي 1% (30 مليون زوج). يفترض أن تؤدي نتائج هذه التحاليل إلى تقديرات تعتمد على قدرتهم على تحديد مناطق الدنا التي يعهد عنها أويشتبه في أنها تحتوي على ناصر وظيفية محددة. 50% من منطقة العينة المختارة للدراسة تحت هذه الفترة تم اختيارها يدوياً بينما ال50% الأخرى اختيرت عشوائياً. المناطق المختارة يدوياً تم اختيارها بحسب تواجد المورثات التي درست بشكل كيد وعلى حسب توافر البيانات المقارنة.

وسريعاً ما نشرت نتائج الفترة التجريبية للمشروع في قواعد البيانات العامة. انتهت الفترة الأولى بنجاح ونشرت النتائج في يونيو2007 في مجلة ناتشر في عدد خاص يحمل اسم أبحاث الجينوم.

فترة الانتاج

صورة من بيانات إنكود في محرك درس الجينوم يو‌سي‌إس‌سي. تظهر الصورة المسارات المتنوعة التي تحتوي على معلومات حول تنظيم الجين. الجين الموجود في اليسار محول في مجموعة واسعة من الخلايا. الجين الموجود على اليمين محول في أنواع قليلة من الخلايا، ومنها الخلايا الجذعية الجنينية.

في سبتمبر 2007، بدأ المعهد الوطني لأبحاث الجينوم في تمويل الفترة الثانية من مشروع إنكود.في هذه الفترة، كان الهدف هوتحليل الجينوم الداخلي وربطه مع "الدراسات الاضافية في الفترة التجريبية".

مثل الفترة التجريبية للمشروع، نظمت جهود الانتاج في مجموعة مفتوحة. في أكتوبر 2007، كان مبلغ التمويل الذي خصصه المعهد القومي لأبحاث الجينوم إلى 80 مليون دولار لمدة تزيد عن أربع سنوات. ضمت فترة الانتاج أيضاً مركز تنسيق البيانات، مركز تحليل البيانات، وجهود تنمية تكنولوجية.

في 2010، ابتكر مشروع إنكود أكثر من 1.000 مجمعة بيانات جينوم موسعة. في الوقت نفسه، أظهرت هذه المجموعات من البيانات مناطق غيرت إلى الرنا، والتي من المرجع أنها تتحكم في الجينات المستخدمة في أنواع معينة من الخلايا، وهذه المناطق مرتبطة بأنواع مختلفة من البروتينات.

في سبتمبر 2012، نشر المشروع نتائج المزيد من مجموعات الجينوم، في 30 ورقة نشرت مجتمعة في مختلف الصحف، منهاستة ورقات في ناتشر في عدد خاص باسم جينوم ريسرش. وكانت أكثر النتائج اللافتة للنظر، حتى جزء من الدنا البشري يتمتع بنشاط بيولوجي بنسبة أكبر بكثير مما كان يعتقد في السابق. وأعرب باحثومشروع إنكود أنهم استطاعوا التيقن من حتى 80% الجينوم له وظيفة بيولوجية للجينوم. معظم هذه الوظائف كانت تخص التحكم في مستويات التعبير عن الدنا المكود، والتي تشكل أقل من 1% من الجينوم.

مشروع مودإنكود

مشروع نموذ عضية إنكود لعناصر الدنا (مودإنكود) ر، هواستمرار لمشروع إنكود الأصلي ويهدف إلى تحديد هوية العناصر الوظيفية لجينوم نموذج حي، وخاصة Drosophila melanogaster وCaenorhabditis elegans. يسمح امتداد النماذج الحية بالتحقق من الصحة البيولوجية من النتائج التجريبية والحوسبية التي توصل إليها مشروع إنكود، وهوما يصعب أويستحيل تطبيقه في البشر.

أعربت المعاهد الوطنية للصحة عن تمويل المشروع في 2007 والذي سيضم مختلف المؤسسات البحثية في الولايات المتحدة.

في أواخر 2010، كشف باحثومودإنكود عن أول مجموعة من النتائج وتم نشرها في صحيفة ساينس. تتوافر البيانات التي وردت في تلك المنشورات على المسقط الرسمي لموإنكود.

كتاب الحقائق

البيانات المرتبطة بتحليل عامل النسخ والتي تم الحصول عليها من مشروع إنكود، متوفرة على مسقط كتاب الحقائق على الوب.

انظر أيضاً

جنكود
جينوم وظيفي
مشروع الجينوم البشري

المصادر

^ Raney BJ, Cline MS, Rosenbloom KR, Dreszer TR, Learned K, Barber GP, Meyer LR, Sloan CA, Malladi VS, Roskin KM, Suh BB, Hinrichs AS, Clawson H, Zweig AS, Kirkup V, Fujita PA, Rhead B, Smith KE, Pohl A, Kuhn RM, Karolchik D, Haussler D, Kent, WJ (2011). "ENCODE whole-genome data in the UCSC genome browser (2011 update)". Nucleic Acids Res. 39 (Database issue): D871–5. doi:10.1093/nar/gkq1017. PMC 3013645. PMID 21037257. Unknown parameter |month= ignored (help)CS1 maint: multiple names: authors list (link)
^ DOI:10.1371/journal.pbio.1001046
This citation will be automatically completed in the next few minutes. You can jump the queue or expand by hand
^ PMID 17571346 (PubMed)
Citation will be completed automatically in a few minutes. Jump the queue or expand by hand
^ PMID 16925836 (PubMed)
Citation will be completed automatically in a few minutes. Jump the queue or expand by hand
^ "ENCODE project at UCSC". ENCODE Consortium. Retrieved 2012-09-05.
^ Walsh, Fergus (2012-09-05). "Detailed map of genome function". BBC News. Archived from the original on 2012-09-06. Retrieved 2012-09-06.
^ Maher B (2012). "ENCODE: The human encyclopaedia". Nature. 489 (7414): 46–48. doi:10.1038/489046a.
^ "خريطة تفصيلية لوظيفة الجينوم البشري". جريدة الشروق المصرية. 2012-09-06. Retrieved 2012-09-06.
^ "ENCODE Pilot Project: Target Selection". The ENCODE Project: ENCyclopedia Of DNA Elements. United States National Human Genome Research Institute. 2011-08-01. Retrieved 2011-08-05.
^ "ENCODE Project at UCSC". University of California at Santa Cruz. Retrieved 2011-08-05.
^ DOI:10.1101/gr.6534207
This citation will be automatically completed in the next few minutes. You can jump the queue or expand by hand
^ "Genome.gov | ENCODE and modENCODE Projects". The ENCODE Project: ENCyclopedia Of DNA Elements. United States National Human Genome Research Institute. 2011-08-01. Retrieved 2011-08-05.
^ "National Human Genome Research Institute - Organization". The NIH Almanac. United States National Institutes of Health. Retrieved 2011-08-05.
^ "Genome.gov | ENCODE Participants and Projects". The ENCODE Project: ENCyclopedia Of DNA Elements. United States National Human Genome Research Institute. 2011-08-01. Retrieved 2011-08-05.
^ Ecker JR, Bickmore WA, Barroso I, Pritchard JK Gilad Y, Segal E (2012). "Genomics: ENCODE explained". Nature. 489: 52–55. doi:10.1038/489052a.CS1 maint: multiple names: authors list (link)
^ The ENCODE Project Consortium (2012). "An integrated encyclopedia of DNA elements in the human genome". Nature. 489: 57–74. doi:10.1038/nature11247.CS1 maint: uses authors parameter (link)
^ "The modENCODE Project: Model Organism ENCyclopedia Of DNA Elements (modENCODE)". NHGRI website. Retrieved 2008-11-13.
^ "modENCODE Participants and Projects". NHGRI website. Retrieved 2008-11-13.
^ "Berkeley Lab Life Sciences Awarded NIH Grants for Fruit Fly, Nematode Studies". Lawrence Berkeley National Laboratory website. 2007-05-14. Retrieved 2008-11-13.
^ DOI:10.1126/science.1196914
This citation will be automatically completed in the next few minutes. You can jump the queue or expand by hand
^ DOI:10.1126/science.1198374
This citation will be automatically completed in the next few minutes. You can jump the queue or expand by hand
^ "modENCODE". The National Human Genome Research Institute.