جينوكاد

معلومات عامة
مسقط الويب	www.genocad.com
المطورون	Virginia Bioinformatics Institute
لغة البرمجة	بي إتش بي، جافا سكريبت، سي++، ماي إس كيوإل
الإصدار الأول	30 أغسطس 2007
حالة التطوير	نشط
الإصدار الأخير	1.6
المستودع	sourceforge.net;
الرخصة	أباتشي 2.0

جينوكاد (بالإنجليزية: GenoCAD)‏ هوتطبيق ويب مفتوح المصدر لتصميم بنى الحمض الريبي النووي المنزوع الأكسجين الخاصة بـالهندسة الوراثية من خلال استخدام المنهجية القائمة على القواعد. ويُعتبر جينوكاد أيضًا تطبيقًا لـلتصميم بمساعدة الحاسوب (CAD) خاصًا بـ البيولوجيا الهجريبية.

السمات

يمكن تنظيم السمات الرئيسة لتطبيق جينوكاد إلى ثلاث فئات رئيسة.

إدارة التسلسلات الجينية: الغرض من هذه الفئة هومساعد ة المستخدمين على تحديد الأجزاء اللازمة، في إطار مجموعات كبيرة من الأجزاء الوراثية، لمشروع ما وتنظيمها في المخطات المحددة للمشروع.
- الأجزاء الوراثية: تنطوي الأجزاء على معهد مميز واسم ووصف أكثر عمومية. كذلك تنطوي الأجزاء على تسلسل نووي لأجزاء الدي إذا إيه. وترتبط الأجزاء بـفهم النحووالصرف ويتم تخصيصها لفئة أجزاء مثل المنشط أوالجين وما إلى ذلك.
- مخطات الأجزاء: يتم تنظيم مجموعات الأجزاء في مخطات. في بعض الحالات تتوافق مخطات الأجزاء مع الأجزاء المستوردة من مصدر واحد مثل قاعدة بيانات تسلسل آخر. وفي حالات أخرى، تتوافق المخطات مع الأجزاء المستخدمة لمشروع تصميم معين. ويمكن نقل أجزاء من مخطة إلى أخرى من خلال منطقة تخزين مؤقتة تُسمى العربة (المماثلة لعربات التسوق والتجارة الإلكترونية).
- البحث عن الأجزاء: يمكن للمستخدمين البحث في قاعدة بيانات الأجزاء باستخدام محرك البحث لوسين. وتكون وسائط البحث الأساسية والمتقدمة متوفرة. ويمكن للمستخدمين تطوير استعلامات معقدة وحفظها لإعادة استخدامها في المستقبل.
- استيراد/تصدير الأجزاء: يمكن استيراد الأجزاء وتصديرها بشكل فردي أوعلى شكل مخطات كاملة باستخدام تنسيقات الملفات القياسية (على سبيل المثال، tab delimited أوفاستا).
جمع التسلسلات في بنى وراثية: يتمثل الغرض من هذه الفئة من السمات في تبسيط عملية جمع الأجزاء الوراثية في تصميمات متوافقة مع إستراتيجية تصميم محددة.
- أداة التصميم بالإشارة والنقر: يرشد هذا المعالج المستخدم من خلال سلسلة من قرارات التصميم التي تحدد بنية التصميم واختيار الأجزاء المدرجة في التصميم.
- إدارة التصاميم: يمكن حفظ التصاميم في مكان عمل المستخدم. ويتم تحديث حالات التصميم بصفة منتظمة لتحذير المستخدمين من نتائج تحرير الأجزاء على تصاميم تم حفظها مسبقًا.
- تصدير التصاميم: يمكن تصدير التصاميم باستخدام تنسيقات الملفات القياسية (على سبيل المثال، GenBank أوtab delimited أوفاستا).
مساحة عمل المستخدم: يمكن للمستخدمين تخصيص مساحة العمل الخاصة بهم من خلال إضافة أجزاء لقاعدة بيانات جينوكاد وإنشاء مخطات مخصصة تتوافق مع مشروعات تصميم محددة وحفظ التصاميم على مراحل مختلفة من التطوير.

الأساس النظري

يعود أساس جينوكاد إلى نظرية اللغات الرسمية. وعلى نحوخاص، تشكل قواعد التصميم التي تصف كيفية جمع أنواع مختلفة من أجزاء علوم النحوالخالية من السياق.

المراجع

^ Czar MJ, Cai Y, Peccoud J (2009). "Writing DNA with GenoCAD". Nucleic Acids Res. 37 (web server): W40-7. doi:10.1093/nar/gkp361. PMID 19429897. صيانة CS1: أسماء متعددة: قائمة المؤلفون (link)
^ Wilson ML, Hertzberg R, Adam L, Peccoud J. (2011). "A step-by-step introduction to rule-based design of synthetic genetic constructs using GenoCAD". Methods Enzymol. 498: 173–88. PMID 21601678. صيانة CS1: أسماء متعددة: قائمة المؤلفون (link)
^ Cai Y, Hartnett B, Gustafsson C, Peccoud J. (2007). "A syntactic model to design and verify synthetic genetic constructs derived from standard biological parts". Bioinformatics. 23 (20): 2760–7. doi:10.1093/bioinformatics/btm446. PMID 17804435. صيانة CS1: أسماء متعددة: قائمة المؤلفون (link)